En cuanto a libros impresos, el AHDSC resguarda varias bibliotecas. Por un lado, se encuentra una parte de la Biblioteca del Seminario Diocesano (las otras partes se encuentran en el actual seminario de San Cristóbal de Las Casas y en la Universidad de Ciencias y Artes de Chiapas en Tuxtla Gutiérrez). Por otro lado, Angélica Inda y Andrés Aubry constituyeron un fondo de libros sobre Chiapas y sobre diversos asuntos eclesiásticos —fondo que se ha ido enriqueciendo con donaciones de investigadores—, dando lugar a la Biblioteca del Archivo Histórico Diocesano. También el obispo Samuel Ruiz hizo entrega de su biblioteca personal (Biblioteca de Monseñor Samuel Ruiz García). A su vez, el padre José Herrera Alcalá también ha donado una importante colección de libros de temas históricos diversos (Biblioteca del Padre José Herrera Alcalá). Finalmente, existe una pequeña colección de libros que fue donada por el padre Felipe Ramos, párroco del Sagrario de la Catedral, y que se compone principalmente de misales (Biblioteca del Sagrario).

De momento se cuenta con un inventario que incluye los libros de las bibliotecas del Archivo Histórico Diocesano, Monseñor Samuel Ruiz García y Padre José Herrera Alcalá.

De la biblioteca del Archivo Histórico Diocesano, se han separado las revistas académicas periódicas para facilitar su consulta y se ha elaborado un inventario de estas.

Recordemos, por último, que el AHDSC posee dos fondos muy ricos con un total de 1,533 impresos distintos: El Fondo Boletines y Revistas, y el Fondo Folletos, que contienen impresos de carácter eclesiástico, principalmente del siglo XIX, aunque también los hay del siglo XVIII y XX. Estos dos fondos cuentan con un inventario común.